Об этом проекте

TCRcloud — это инструмент на базе Python, предназначенный для визуализации и анализа данных репертуара адаптивных иммунных рецепторов (AIRR). Он совместим с Linux, macOS и Windows (через WSL) и требует в качестве входных данных информацию, соответствующую стандарту AIRR. Основные возможности включают: - Визуализация: создание облаков слов CDR3 (с настраиваемой расцветкой через JSON), графиков V-генов, а также 2D- или 3D-графиков аминокислот. - Анализ разнообразия: построение радарных диаграмм для сравнения индексов разнообразия, включая Distinct CDR3, Convergence, индекс D50, коэффициент Джини, индекс Шеннона, индекс Джини-Симпсона и индекс Chao1. - Интеграция данных: функционал для загрузки файлов перестроек из баз данных, соответствующих AIRR, с использованием файлов метаданных репертуара AIRR. - Экспорт данных: возможность экспорта рассчитанных индексов и обработанных данных из радарных диаграмм и графиков V-генов в текстовые файлы.