TCRcloud

TCRcloud est un outil basé sur Python conçu pour la visualisation et l'analyse des données du répertoire des récepteurs immunitaires adaptatifs (AIRR). Il est compatible avec Linux, macOS et Windows (via WSL) et nécessite des données conformes à AIRR en entrée. Les capacités clés incluent : - Visualisation : Génère des nuages de mots CDR3 (avec une coloration personnalisable via JSON), des graphiques de gènes V et des tracés d'acides aminés en 2D ou 3D. - Analyse de la diversité : Crée des graphiques radar pour comparer les indices de diversité, notamment Distinct CDR3, Convergence, l'indice D50, le coefficient de Gini, l'indice de Shannon, l'indice de Gini-Simpson et l'indice Chao1. - Intégration des données : Comprend des fonctionnalités pour télécharger des fichiers de réarrangement à partir de bases de données conformes à AIRR en utilisant des fichiers de métadonnées de répertoire AIRR. - Exportation des données : Permet d'exporter les indices calculés et les données traitées des graphiques radar et des gènes V vers des fichiers texte.