TCRcloud

TCRcloud는 적응 면역 수용체 레퍼토리(AIRR) 데이터의 시각화 및 분석을 위해 설계된 Python 기반 도구입니다. Linux, macOS, Windows(WSL 통해)와 호환되며, 입력값으로 AIRR 준수 데이터가 필요합니다. 주요 기능은 다음과 같습니다: - 시각화: CDR3 워드 클라우드(JSON을 통한 색상 사용자 정의 가능), V-gene 플롯, 2D 또는 3D 아미노산 플롯을 생성합니다. - 다양성 분석: Distinct CDR3, Convergence, D50 Index, Gini Coefficient, Shannon Index, Gini-Simpson Index, Chao1 index를 포함한 다양성 지수를 비교하기 위한 레이더 플롯을 생성합니다. - 데이터 통합: AIRR 레퍼토리 메타데이터 파일을 사용하여 AIRR 준수 데이터베이스에서 재배열 파일을 다운로드하는 기능을 포함합니다. - 데이터 내보내기: 레이더 및 V-gene 플롯에서 계산된 지수와 처리된 데이터를 텍스트 파일로 내보낼 수 있습니다.