hash-cad

#-CAD 是一个用于十字交叉巨型结构设计的跨平台设计平台，以桌面应用（macOS、Windows、Linux）、Web 应用和 Python 包的形式分发。该仓库捆绑了三个相关部分：#-CAD 图形编辑器、crisscross Python API 以及 OrthoSeq 序列文库生成器。 ## #-CAD 图形编辑器 该图形界面支持二维网格设计，可在方形或六边形网格上放置板条，其中板条必须在不同层上十字交叉才能形成有效设计。它包括实时三维可视化、自由形式的货物和种子放置、用于重复单元设计的把手连接与复制，以及导出为 Echo 液体处理机命令表。一种进化算法从有限文库中选择最优组装把手序列。实验模式除标准 1x32 板条外，还支持双筒 2x16 板条。 典型工作流程：创建或导入 .xlsx 设计，在二维网格上放置板条，运行把手优化，添加货物和种子（总共需要 5x16 个把手），然后导出 Echo 命令或保存以供 Python 处理。 ## Python API 与 OrthoSeq crisscross Python API 以编程方式操作巨型结构，并使用与 #-CAD 兼容的文件格式，提供更大的灵活性，但学习曲线也更陡峭。捆绑的 orthoseq_generator 包可寻找正交结合的 DNA 序列对集合，依据热力学结合能而非序列多样性来选择序列。OrthoSeq 使用 NUPACK 评估预期结合、交叉杂交和自折叠，将候选对建模为冲突图中的顶点，并将文库选择表述为独立集问题。它为整个工作流程提供图形界面。安装通过 pip 进行（crisscross_kit，Python 3.11+）。 ## 项目背景 该项目由 Dana-Farber 癌症研究所和哈佛大学 Wyss 研究所的 William Shih 实验室开发，并列出了把手分配算法、OrthoSeq、组装与汉明距离协议以及初始图形界面原型的贡献者。该项目采用 MIT 许可证，在 Read the Docs 上有文档，并引用了关于 #-CAD 的 Nature Communications 论文和关于 OrthoSeq 的 bioRxiv 预印本，相关数据见 Zenodo。