इस प्रोजेक्ट के बारे में

#-CAD क्रिसक्रॉस मेगास्ट्रक्चर के लिए एक क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म डिज़ाइन प्लेटफ़ॉर्म है, जिसे डेस्कटॉप एप्लिकेशन (macOS, Windows, Linux), वेब एप्लिकेशन, और Python पैकेज के रूप में वितरित किया जाता है। रिपॉज़िटरी तीन संबंधित भागों को एक साथ बंडल करती है: #-CAD ग्राफ़िकल एडिटर, crisscross Python API, और OrthoSeq अनुक्रम-लाइब्रेरी जनरेटर। ## #-CAD ग्राफ़िकल एडिटर GUI वर्गाकार या षट्कोणीय ग्रिड पर स्लैट प्लेसमेंट के साथ 2D ग्रिड डिज़ाइन का समर्थन करता है, जहाँ एक वैध डिज़ाइन बनाने के लिए स्लैट्स को विभिन्न परतों पर क्रिसक्रॉस करना आवश्यक है। इसमें रीयल-टाइम 3D विज़ुअलाइज़ेशन, फ़्री-फ़ॉर्म कार्गो और सीड प्लेसमेंट, दोहराए जाने वाले यूनिट डिज़ाइन के लिए हैंडल लिंकिंग और डुप्लिकेशन, और Echo Liquid Handler कमांड शीट में निर्यात शामिल है। एक विकासवादी एल्गोरिदम एक सीमित लाइब्रेरी से एक इष्टतम असेंबली हैंडल अनुक्रम चुनता है। एक प्रायोगिक मोड मानक 1x32 स्लैट्स के साथ-साथ डबल-बैरल 2x16 स्लैट्स का समर्थन करता है। विशिष्ट कार्यप्रवाह: एक .xlsx डिज़ाइन बनाएँ या आयात करें, 2D ग्रिड पर स्लैट्स रखें, हैंडल ऑप्टिमाइज़ेशन चलाएँ, कार्गो और सीड जोड़ें (कुल 5x16 हैंडल की आवश्यकता होती है), फिर Echo कमांड निर्यात करें या Python प्रोसेसिंग के लिए सहेजें। ## Python API और OrthoSeq crisscross Python API मेगास्ट्रक्चर को प्रोग्रामेटिक रूप से संशोधित करता है और #-CAD के साथ संगत फ़ाइल प्रारूप का उपयोग करता है, जो अधिक लचीलापन प्रदान करता है लेकिन सीखने की अवस्था अधिक कठिन है। बंडल किया गया orthoseq_generator पैकेज ऑर्थोगोनल रूप से बाइंडिंग करने वाले DNA अनुक्रम युग्मों के सेट खोजता है, और अनुक्रम विविधता के बजाय थर्मोडायनामिक बाइंडिंग ऊर्जा के आधार पर अनुक्रमों का चयन करता है। OrthoSeq इच्छित बाइंडिंग, क्रॉस-हाइब्रिडाइज़ेशन और सेल्फ-फ़ोल्डिंग का मूल्यांकन करने के लिए NUPACK का उपयोग करता है, उम्मीदवार युग्मों को एक कॉन्फ़्लिक्ट ग्राफ़ में शीर्ष के रूप में मॉडल करता है, और लाइब्रेरी चयन को एक स्वतंत्र-सेट समस्या के रूप में सूत्रबद्ध करता है। यह पूरे कार्यप्रवाह के लिए एक ग्राफ़िकल इंटरफ़ेस प्रदान करता है। इंस्टॉलेशन pip के माध्यम से किया जाता है (crisscross_kit, Python 3.11+)। ## परियोजना संदर्भ यह Dana-Farber Cancer Institute और Harvard University के Wyss Institute में William Shih Lab में विकसित किया गया है, जिसमें हैंडल असाइनमेंट एल्गोरिदम, OrthoSeq, असेंबली और हैमिंग-दूरी प्रोटोकॉल, और प्रारंभिक GUI प्रोटोटाइप के लिए नामित योगदानकर्ता हैं। यह परियोजना MIT लाइसेंस के अंतर्गत है, Read the Docs पर इसका दस्तावेज़ीकरण उपलब्ध है, और #-CAD के लिए एक Nature Communications पेपर तथा OrthoSeq के लिए एक bioRxiv प्रीप्रिंट का उल्लेख करती है, साथ में Zenodo पर संबंधित डेटा भी है।