منصوبے کے بارے میں

#-CAD کراس کراس میگا اسٹرکچرز کے لیے ایک کراس پلیٹ فارم ڈیزائن پلیٹ فارم ہے، جو ڈیسک ٹاپ ایپلیکیشن (macOS، Windows، Linux)، ویب ایپلیکیشن، اور Python پیکیج کے طور پر تقسیم کیا جاتا ہے۔ ریپوزٹری تین متعلقہ حصوں کو یکجا کرتی ہے: #-CAD گرافیکل ایڈیٹر، crisscross Python API، اور OrthoSeq سیکوینس لائبریری جنریٹر۔ ## #-CAD گرافیکل ایڈیٹر GUI مربع یا ہیکساگونل گرڈز پر سلیٹ کی جگہ کے ساتھ 2D گرڈ ڈیزائن کی حمایت کرتا ہے، جہاں سلیٹ کو مختلف تہوں پر کراس کراس کرنا ضروری ہے تاکہ ایک درست ڈیزائن بن سکے۔ اس میں ریئل ٹائم 3D ویژولائزیشن، فری فارم کارگو اور سیڈ کی جگہ، ریپیٹنگ یونٹ ڈیزائنز کے لیے ہینڈل لنکنگ اور ڈپلیکیشن، اور Echo Liquid Handler کمانڈ شیٹس میں ایکسپورٹ شامل ہے۔ ایک ارتقائی الگورتھم ایک محدود لائبریری سے بہترین اسمبلی ہینڈل سیکوینس منتخب کرتا ہے۔ ایک تجرباتی موڈ معیاری 1x32 سلیٹس کے ساتھ ڈبل بیرل 2x16 سلیٹس کی بھی حمایت کرتا ہے۔ عام ورک فلو: ایک .xlsx ڈیزائن بنائیں یا درآمد کریں، 2D گرڈ پر سلیٹ رکھیں، ہینڈل آپٹیمائزیشن چلائیں، کارگو اور سیڈز شامل کریں (کل 5x16 ہینڈلز کی ضرورت ہوتی ہے)، پھر Echo کمانڈز ایکسپورٹ کریں یا Python پروسیسنگ کے لیے محفوظ کریں۔ ## Python API اور OrthoSeq crisscross Python API میگا اسٹرکچرز کو پروگرام کے ذریعے مینیپولیٹ کرتا ہے اور #-CAD کے ساتھ مطابقت رکھنے والا فائل فارمیٹ استعمال کرتا ہے، جو زیادہ لچک فراہم کرتا ہے لیکن سیکھنے کا منحنی خط زیادہ مشکل ہے۔ شامل orthoseq_generator پیکیج آرتھوگونل طور پر بائنڈنگ کرنے والے DNA سیکوینس جوڑوں کے سیٹ تلاش کرتا ہے، سیکوینسز کو سیکوینس تنوع کی بجائے تھرموڈینامک بائنڈنگ انرجی کے ذریعے منتخب کرتا ہے۔ OrthoSeq مطلوبہ بائنڈنگ، کراس ہائبرڈائزیشن اور سیلف فولڈنگ کا جائزہ لینے کے لیے NUPACK استعمال کرتا ہے، امیدوار جوڑوں کو کنفلیکٹ گراف میں ورٹیکس کے طور پر ماڈل کرتا ہے، اور لائبریری انتخاب کو ایک آزاد سیٹ مسئلے کے طور پر فارمولیٹ کرتا ہے۔ یہ مکمل ورک فلو کے لیے ایک گرافیکل انٹرفیس فراہم کرتا ہے۔ انسٹالیشن pip کے ذریعے ہے (crisscross_kit، Python 3.11+)۔ ## پروجیکٹ سیاق و سباق Dana-Farber Cancer Institute اور Harvard University کے Wyss Institute میں William Shih Lab میں تیار کیا گیا، جس میں ہینڈل اسائنمنٹ الگورتھم، OrthoSeq، اسمبلی اور ہیمنگ-ڈسٹنس پروٹوکولز، اور ابتدائی GUI پروٹوٹائپ کے لیے نامزد شراکت دار شامل ہیں۔ پروجیکٹ MIT لائسنس یافتہ ہے، Read the Docs پر دستاویزات موجود ہیں، اور #-CAD کے لیے ایک Nature Communications مقالہ اور OrthoSeq کے لیے ایک bioRxiv پری پرنٹ کا حوالہ دیتا ہے، جس کے ساتھ Zenodo پر ڈیٹا بھی موجود ہے۔