عن المشروع

#-CAD هي منصة تصميم متعددة المنصات للهياكل الضخمة من نوع كريسكروس، وتُوزَّع كتطبيق سطح مكتب (لأنظمة macOS وWindows وLinux)، وتطبيق ويب، وحزمة بايثون. يحتوي المستودع على ثلاثة مكونات مترابطة: محرر #-CAD الرسومي، وواجهة برمجة تطبيقات كريسكروس بلغة بايثون، ومولّد مكتبة التسلسلات OrthoSeq. ## محرر #-CAD الرسومي تدعم الواجهة الرسومية التصميم على شبكة ثنائية الأبعاد مع وضع الشرائح على شبكات مربعة أو سداسية، حيث يجب أن تتقاطع الشرائح على طبقات مختلفة لتكوين تصميم صالح. تتضمن عرضاً ثلاثي الأبعاد في الوقت الفعلي، ووضعاً حراً للحمولة والبذور، وربط المقابض وتكرارها لتصميمات الوحدات المتكررة، والتصدير إلى أوراق أوامر Echo Liquid Handler. تختار خوارزمية تطورية تسلسل مقبض التجميع الأمثل من مكتبة محدودة. يدعم الوضع التجريبي شرائح مزدوجة البرميل 2x16 إلى جانب الشرائح القياسية 1x32. سير العمل النموذجي: إنشاء أو استيراد تصميم .xlsx، ووضع الشرائح على الشبكة ثنائية الأبعاد، وتشغيل تحسين المقابض، وإضافة الحمولة والبذور (بما يتطلب إجمالي 5x16 مقبضاً)، ثم تصدير أوامر Echo أو الحفظ للمعالجة عبر بايثون. ## واجهة برمجة تطبيقات بايثون وOrthoSeq تتعامل واجهة برمجة تطبيقات كريسكروس بلغة بايثون مع الهياكل الضخمة برمجياً وتستخدم تنسيق ملفات متوافقاً مع #-CAD، مما يوفر مرونة أكبر على حساب منحنى تعلم أكثر حدة. تجد حزمة orthoseq_generator المرفقة مجموعات من أزواج تسلسلات الحمض النووي المرتبطة بشكل متعامد، وتختار التسلسلات بناءً على طاقة الارتباط الحرارية بدلاً من تنوع التسلسل. تستخدم OrthoSeq برنامج NUPACK لتقييم الارتباط المقصود، والتهجين المتبادل، والطي الذاتي، وتصميم الأزواج المرشحة كرؤوس في رسم بياني للتعارض، وتصوغ اختيار المكتبة كمسألة مجموعة مستقلة. توفر واجهة رسومية لسير العمل الكامل. يتم التثبيت عبر pip (crisscross_kit، بايثون 3.11 أو أحدث). ## سياق المشروع طُوِّر في مختبر ويليام شيه في معهد دانا-فاربر للسرطان ومعهد وايس بجامعة هارفارد، مع مساهمين مذكورين بالاسم لخوارزمية تعيين المقابض، وOrthoSeq، وبروتوكولات التجميع ومسافة هامينغ، والنموذج الأولي الأول للواجهة الرسومية. المشروع مرخص بموجب MIT، ولديه توثيق على Read the Docs، ويستشهد بورقة في Nature Communications لـ #-CAD وورقة أولية على bioRxiv لـ OrthoSeq، مع بيانات مصاحبة على Zenodo.