Об этом проекте

pyGecko — это библиотека с открытым исходным кодом на Python, предназначенная для анализа данных газовой хроматографии-масс-спектрометрии (ГХ-МС) и газовой хроматографии-пламенно-ионизационного детектора (ГХ-ПИД). Она решает проблему ручной обработки данных в высокопроизводительных экспериментах (HTE), позволяя автоматизировать или полуавтоматизировать анализ измерений и последовательностей. Основные функции включают интерпретацию измерений в контексте эксперимента, автоматическую идентификацию внутренних стандартов и определение соединений по времени удерживания, массе молекулярного иона, фрагментам и сравнению спектров. Для измерений ГХ-ПИД поддерживается количественный анализ относительно внутреннего стандарта. Библиотека облегчает интеграцию аналитических методов в замкнутые системы и стандартизированное хранение данных реакций. Результаты, хроматограммы и спектры могут быть визуализированы и экспортированы в стандартизированные форматы, такие как схема Open Reaction Database (ORD), mzML и ANDI/AIA netCDF. pyGecko поддерживает различные форматы файлов, включая .mzML, .mzXML, .D (Agilent), .RAW (Thermo), .cdf, .xy и .CSV. Для чтения некоторых файлов производителей требуется инструмент msConvert из ProteoWizard. Библиотека легко интегрируется в автоматизированные рабочие процессы и может использоваться как самостоятельный инструмент или библиотека Python, с документацией и примерами, доступными онлайн.