pygecko

pyGecko est une bibliothèque Python open-source conçue pour le parsing, le traitement et l'analyse de données brutes issues de la chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC-MS) et de la chromatographie en phase gazeuse avec détecteur à ionisation de flamme (GC-FID). Elle répond au goulet d'étranglement du traitement manuel des données dans l'expérimentation à haut débit (HTE) en permettant la gestion automatisée ou semi-automatique des mesures et des séquences. Les fonctionnalités clés comprennent l'interprétation des mesures dans des contextes expérimentaux, l'identification automatique des standards internes et l'identification des composés basée sur les temps de rétention, la masse des ions moléculaires, les fragments et la comparaison spectrale. Pour les mesures GC-FID, elle prend en charge la quantification relative à un standard interne. La bibliothèque facilite l'intégration des méthodes analytiques dans des systèmes en boucle fermée et le stockage standardisé des données de réaction. Les résultats, les chromatogrammes et les spectres peuvent être visualisés et exportés dans des formats standardisés tels que le schéma Open Reaction Database (ORD), mzML et ANDI/AIA netCDF. pyGecko prend en charge divers formats de fichiers, notamment .mzML, .mzXML, .D (Agilent), .RAW (Thermo), .cdf, .xy et .CSV. Elle nécessite l'outil msConvert de ProteoWizard pour lire certains fichiers de fournisseurs. La bibliothèque est conçue pour une intégration facile dans des flux de travail automatisés et peut être utilisée comme un outil autonome ou une bibliothèque Python, avec une documentation disponible en ligne et des cahiers d'exemples fournis pour l'analyse quantitative et l'appariement spectral.