pygecko

pyGeckoは、Gas Chromatography-Mass Spectrometry（GC-MS）およびGas Chromatography-Flame Ionization Detection（GC-FID）の生データを解析、処理、分析するために設計されたオープンソースPythonライブラリです。このライブラリは、高スループット実験（HTE）における手動データ処理のボトルネックを解消し、測定やシーケンスの自動化または半自動化を可能にします。主な機能には、実験コンテキスト内での測定の解釈、内部標準の自動識別、および保持時間、分子イオン質量、フラグメント、スペクトル比較に基づく化合物の同定が含まれます。GC-FID測定の場合、内部標準に対する定量化をサポートします。 このライブラリは、分析方法を閉ループシステムに統合し、反応データを標準化された形式で保存することを容易にします。結果、クロマトグラム、およびスペクトルは、Open Reaction Database（ORD）スキーマ、mzML、ANDI/AIA netCDFなどの標準化された形式で視覚化およびエクスポートできます。pyGeckoは、.mzML、.mzXML、.D（Agilent）、.RAW（Thermo）、.cdf、.xy、.CSVなどのさまざまなファイル形式をサポートしています。特定のベンダーファイルを読み取るには、ProteoWizardのmsConvertツールが必要です。このライブラリは、自動化されたワークフローへの容易な統合を想定しており、スタンドアロンツールまたはPythonライブラリとして使用できます。ドキュメントはオンラインで利用可能で、定量分析やスペクトルマッチングのためのサンプルノートブックが提供されています。