pygecko

pyGecko는 가스 크로마토그래피-질량 분광법(GC-MS) 및 가스 크로마토그래피-화염 이온화 검출(GC-FID)에서 생성된 원시 데이터를 파싱, 처리, 분석하기 위해 설계된 오픈소스 Python 라이브러리입니다. 이 라이브러리는 고처리량 실험(HTE)에서 수동 데이터 처리의 병목 현상을 해결하여 측정 및 시퀀스의 자동화 또는 반자동 처리를 가능하게 합니다. 주요 기능으로는 실험적 맥락에서의 측정 해석, 내부 표준의 자동 식별, 그리고 유지 시간, 분자 이온 질량, 단편, 스펙트럼 비교를 기반으로 한 화합물 식별이 포함됩니다. GC-FID 측정의 경우, 내부 표준을 기준으로 한 정량화를 지원합니다. 이 라이브러리는 분석 방법을 폐쇄 루프 시스템에 통합하고 반응 데이터를 표준화된 방식으로 저장하는 것을 용이하게 합니다. 결과, 크로마토그램, 스펙트럼은 시각화되고 Open Reaction Database(ORD) 스키마, mzML, ANDI/AIA netCDF와 같은 표준화된 형식으로 내보낼 수 있습니다. pyGecko는 .mzML, .mzXML, .D(Agilent), .RAW(Thermo), .cdf, .xy, .CSV 등 다양한 파일 형식을 지원합니다. 특정 공급업체 파일을 읽기 위해서는 ProteoWizard의 msConvert 도구가 필요합니다. 이 라이브러리는 자동화된 워크플로우에 쉽게 통합되도록 설계되었으며, 독립형 도구 또는 Python 라이브러리로 사용할 수 있습니다. 문서화는 온라인에서 제공되며, 정량 분석 및 스펙트럼 매칭을 위한 예제 노트북도 제공됩니다.