pygecko

pyGecko é uma biblioteca Python de código aberto projetada para o parsing, processamento e análise de dados brutos de Cromatografia Gasosa-Espectrometria de Massa (GC-MS) e Cromatografia Gasosa-Detecção por Ionização de Chama (GC-FID). Ela aborda o gargalo do processamento manual de dados em experimentos de alto rendimento (HTE), permitindo o manuseio automatizado ou semi-automatizado de medições e sequências. Recursos principais incluem a interpretação de medições no contexto experimental, identificação automática de padrões internos e identificação de compostos com base em tempos de retenção, massa do íon molecular, fragmentos e comparação de espectros. Para medições de GC-FID, suporta quantificação relativa a um padrão interno. A biblioteca facilita a integração de métodos analíticos em sistemas de loop fechado e o armazenamento padronizado de dados de reação. Resultados, cromatogramas e espectros podem ser visualizados e exportados em formatos padronizados como o esquema Open Reaction Database (ORD), mzML e ANDI/AIA netCDF. pyGecko suporta vários formatos de arquivo, incluindo .mzML, .mzXML, .D (Agilent), .RAW (Thermo), .cdf, .xy e .CSV. Requer a ferramenta msConvert da ProteoWizard para ler certos arquivos de fornecedor. A biblioteca é projetada para fácil integração em fluxos de trabalho automatizados e pode ser usada como uma ferramenta independente ou uma biblioteca Python, com documentação disponível online e notebooks de exemplo fornecidos para análise quantitativa e correspondência de espectros.