biomcp

BioMCP é um binário CLI único construído em torno de uma gramática de comandos que acessa diretamente cerca de 70 fontes biomédicas confiáveis, incluindo PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB e Reactome, com fontes adicionais expostas dentro das respostas de outras fontes. As mesmas ferramentas são expostas como um servidor Model Context Protocol (MCP), para que agentes de IA como Claude Code, Codex e Claude Desktop possam chamá-las. O objetivo declarado é reduzir o labirinto habitual de dados biomédicos: uma consulta alcança fontes que normalmente ficam atrás de APIs, identificadores e hábitos de busca diferentes. Pesquisadores, clínicos e agentes usam a mesma gramática para pesquisar, focar e pivotar sem reconstruir um fluxo de trabalho por fonte. Os resultados são descritos como compactos e orientados a evidências, abrangendo dados públicos ao vivo e análises locais de estudos. Principais capacidades descritas no README: - Busca de literatura: `search article` distribui a consulta entre PubTator3 e Europe PMC, deduplica identificadores PMID/PMCID/DOI e pode adicionar uma etapa no Semantic Scholar quando os filtros permitem. - Pivôs entre entidades: passar de um gene, variante, medicamento, doença, via, proteína ou artigo para a próxima visão integrada em vez de reconstruir filtros manualmente. - Playbooks: `biomcp skill list` mostra exemplos práticos incluídos, abertos via `biomcp skill <slug>`. - Análises locais de estudos: os comandos `study` cobrem fluxos de consulta local, coorte, sobrevivência, comparação e coocorrência com gráficos em terminal, SVG e PNG para conjuntos de dados baixados no estilo cBioPortal. - Auxiliares de rastro de artigos: `article citations`, `article references`, `article recommendations` e `article entities` expandem um artigo conhecido em um mapa de evidências mais amplo. - Enriquecimento e processamento em lote: `biomcp enrich` para enriquecimento de conjuntos gênicos do g:Profiler, e `biomcp batch` para até 10 chamadas `get` focadas em um único comando. A gramática de comandos é organizada como `search <entity> [filters]` para descoberta, `skill list` para o catálogo de playbooks, `discover <query>` para resolução de conceitos, `get <entity> <id> [sections]` para detalhes focados, `<entity> <helper> <id>` para pivôs entre entidades, `enrich` para conjuntos gênicos, `batch` para gets paralelos e `search all` para orientação entre entidades com contagens primeiro. As entidades obteníveis incluem gene, variant, article, author, trial, diagnostic, drug, disease, pathway, protein, adverse-event, pgx e cell-line, cada uma mapeada para provedores upstream nomeados. Entidades somente de busca são gwas e phenotype. Todo `get` suporta seções selecionáveis para divulgação progressiva; no modo JSON, as respostas expõem `_meta.next_commands` e `_meta.section_sources` para acompanhamentos e proveniência em nível de seção. As opções de instalação incluem um script de instalação via curl, PyPI via `uv tool install biomcp-cli` (o README alerta que o pacote PyPI não relacionado `biomcp` não deve ser usado), Homebrew, uma imagem Docker no GHCR, um marketplace de plugins do Claude Code, um registro MCP do Codex e uma extensão do Claude Desktop. Um modo de servidor HTTP remoto (`biomcp serve-http`) suporta implantações compartilhadas, com rotas de verificação em `/health`, `/readyz` e `/`. O README observa que a limitação de taxa é local ao processo e recomenda um endpoint HTTP compartilhado para muitos workers concorrentes, além de um proxy TLS autenticado confiável para implantações remotas. A maioria dos comandos funciona sem credenciais; chaves de API opcionais (NCBI, Semantic Scholar, OpenFDA, NCI, OncoKB, AlphaGenome, DisGeNET) melhoram os limites de taxa ou desbloqueiam enriquecimentos opcionais. O projeto afirma que não adiciona telemetria, análises ou upload remoto de logs. O BioMCP é licenciado sob MIT, realiza consultas sob demanda em vez de empacotar conjuntos de dados, e o README adverte que os termos das fontes upstream regem a reutilização dos resultados recuperados, com KEGG e COSMIC destacados como limites notáveis de reutilização.