biomcp

BioMCP는 하나의 명령 문법을 중심으로 구축된 단일 CLI 바이너리로, PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB, Reactome을 포함한 약 70개의 신뢰할 수 있는 생의학 소스에 직접 접근하며, 추가 소스는 다른 소스의 답변 안에서 표면화됩니다. 동일한 도구가 Model Context Protocol(MCP) 서버로 노출되어 Claude Code, Codex, Claude Desktop 같은 AI 에이전트가 호출할 수 있습니다. 명시된 목표는 일반적인 생의학 데이터 미로를 줄이는 것입니다. 하나의 쿼리로 보통 서로 다른 API, 식별자, 검색 습관 뒤에 있는 소스에 도달합니다. 연구자, 임상의, 에이전트는 동일한 문법을 사용해 소스마다 워크플로를 다시 구축하지 않고 검색, 집중, 피벗할 수 있습니다. 결과는 간결하고 증거 지향적으로 설명되며, 실시간 공개 데이터와 로컬 연구 분석을 아우릅니다. README에 설명된 주요 기능: - 문헌 검색: `search article`은 PubTator3와 Europe PMC 전반으로 확장되고, PMID/PMCID/DOI 식별자를 중복 제거하며, 필터가 지원하는 경우 Semantic Scholar 레그를 추가할 수 있습니다. - 교차 엔티티 피벗: 유전자, 변이, 약물, 질병, 경로, 단백질 또는 논문에서 다음 내장 뷰로 이동하며 필터를 수동으로 재구축하지 않습니다. - 플레이북: `biomcp skill list`는 제공되는 작업 예시를 보여주며, `biomcp skill <slug>`로 엽니다. - 로컬 연구 분석: `study` 명령은 다운로드한 cBioPortal 스타일 데이터셋에 대해 로컬 쿼리, 코호트, 생존, 비교, 동시 발생 워크플로를 터미널, SVG, PNG 차트와 함께 다룹니다. - 논문 추적 도우미: `article citations`, `article references`, `article recommendations`, `article entities`는 하나의 알려진 논문을 더 넓은 증거 지도로 확장합니다. - 농축 및 배치: g:Profiler 유전자 세트 농축을 위한 `biomcp enrich`, 한 명령에서 최대 10개의 집중된 `get` 호출을 위한 `biomcp batch`. 명령 문법은 발견을 위한 `search <entity> [filters]`, 플레이북 카탈로그를 위한 `skill list`, 개념 해석을 위한 `discover <query>`, 집중 세부 정보를 위한 `get <entity> <id> [sections]`, 교차 엔티티 피벗을 위한 `<entity> <helper> <id>`, 유전자 세트를 위한 `enrich`, 병렬 get을 위한 `batch`, 개수 우선 교차 엔티티 정향을 위한 `search all`로 구성됩니다. Gettable 엔티티에는 gene, variant, article, author, trial, diagnostic, drug, disease, pathway, protein, adverse-event, pgx, cell-line이 있으며, 각각 명명된 업스트림 제공자에 매핑됩니다. 검색 전용 엔티티는 gwas와 phenotype입니다. 모든 `get`은 점진적 공개를 위한 선택 가능한 섹션을 지원하며, JSON 모드 응답은 후속 작업과 섹션 수준 출처를 위해 `_meta.next_commands`와 `_meta.section_sources`를 노출합니다. 설치 옵션에는 curl 설치 스크립트, `uv tool install biomcp-cli`를 통한 PyPI(README는 관련 없는 `biomcp` PyPI 패키지를 사용해서는 안 된다고 경고함), Homebrew, GHCR Docker 이미지, Claude Code 플러그인 마켓플레이스, Codex MCP 등록, Claude Desktop 확장이 포함됩니다. 원격 HTTP 서버 모드(`biomcp serve-http`)는 공유 배포를 지원하며, `/health`, `/readyz`, `/`에 프로브 라우트가 있습니다. README는 속도 제한이 프로세스 로컬임을 언급하고 많은 동시 워커에는 공유 HTTP 엔드포인트를, 원격 배포에는 신뢰할 수 있는 인증 TLS 프록시를 권장합니다. 대부분의 명령은 자격 증명 없이 작동합니다. 선택적 API 키(NCBI, Semantic Scholar, OpenFDA, NCI, OncoKB, AlphaGenome, DisGeNET)는 속도 제한을 개선하거나 선택적 농축을 해제합니다. 이 프로젝트는 텔레메트리, 분석 또는 원격 로그 업로드를 추가하지 않는다고 명시합니다. BioMCP는 MIT 라이선스이며 데이터셋을 벤더링하는 대신 온디맨드 쿼리를 수행하고, README는 검색된 결과의 재사용에는 업스트림 소스 약관이 적용된다고 주의하며, KEGG와 COSMIC을 주목할 만한 재사용 제한으로 언급합니다.