প্রকল্প সম্পর্কে

BioMCP একটি একক CLI বাইনারি যা একটি কমান্ড গ্রামারের চারপাশে নির্মিত এবং এটি সরাসরি প্রায় ৭০টি বিশ্বস্ত বায়োমেডিকাল উৎসে পৌঁছায়, যার মধ্যে রয়েছে PubMed, ClinVar, ClinicalTrials.gov, OncoKB এবং Reactome, সাথে অন্যান্য উৎসের উত্তরের ভিতরে আরও অতিরিক্ত উৎস প্রকাশিত হয়। একই টুলগুলো একটি Model Context Protocol (MCP) সার্ভার হিসেবে উন্মুক্ত, তাই Claude Code, Codex এবং Claude Desktop-এর মতো AI এজেন্টরা সেগুলো কল করতে পারে। ঘোষিত লক্ষ্য হলো সাধারণ বায়োমেডিকাল ডেটা জটিলতা কমানো: একটি প্রশ্ন এমন উৎসগুলোতে পৌঁছায় যা সাধারণত বিভিন্ন API, আইডেন্টিফায়ার এবং অনুসন্ধান অভ্যাসের পিছনে থাকে। গবেষক, ক্লিনিশিয়ান এবং এজেন্টরা একই গ্রামার ব্যবহার করে অনুসন্ধান, ফোকাস এবং পিভট করতে পারে, প্রতি উৎসের জন্য আলাদা ওয়ার্কফ্লো পুনর্নির্মাণ না করেই। ফলাফলগুলোকে সংক্ষিপ্ত এবং প্রমাণ-ভিত্তিক হিসেবে বর্ণনা করা হয়েছে, যা লাইভ পাবলিক ডেটা এবং স্থানীয় স্টাডি অ্যানালিটিক্স উভয়ই অন্তর্ভুক্ত করে। README-তে বর্ণিত মূল ক্ষমতাগুলো: - সাহিত্য অনুসন্ধান: `search article` PubTator3 এবং Europe PMC জুড়ে বিস্তৃত হয়, PMID/PMCID/DOI আইডেন্টিফায়ার ডিডুপ্লিকেট করে, এবং ফিল্টার সমর্থন করলে একটি Semantic Scholar অংশ যোগ করতে পারে। - ক্রস-এন্টিটি পিভট: একটি জিন, ভেরিয়েন্ট, ড্রাগ, রোগ, পাথওয়ে, প্রোটিন বা নিবন্ধ থেকে পরবর্তী অন্তর্নির্মিত ভিউতে যান, ম্যানুয়ালি ফিল্টার পুনর্নির্মাণ না করেই। - প্লেবুক: `biomcp skill list` শিপড কাজের উদাহরণ দেখায়, যা `biomcp skill <slug>` দিয়ে খোলা হয়। - স্থানীয় স্টাডি অ্যানালিটিক্স: `study` কমান্ডগুলো স্থানীয় ক্যোয়ারী, কোহর্ট, সারভাইভাল, তুলনা এবং কো-অকারেন্স ওয়ার্কফ্লো কভার করে, ডাউনলোড করা cBioPortal-স্টাইল ডেটাসেটের জন্য টার্মিনাল, SVG এবং PNG চার্ট সহ। - পেপার ট্রেইল সহায়ক: `article citations`, `article references`, `article recommendations` এবং `article entities` একটি পরিচিত পেপারকে বিস্তৃত প্রমাণ মানচিত্রে প্রসারিত করে। - এনরিচমেন্ট এবং ব্যাচিং: `biomcp enrich` g:Profiler জিন-সেট এনরিচমেন্টের জন্য, এবং `biomcp batch` এক কমান্ডে সর্বোচ্চ ১০টি ফোকাসড `get` কলের জন্য। কমান্ড গ্রামারটি সংগঠিত: আবিষ্কারের জন্য `search <entity> [filters]`, প্লেবুক ক্যাটালগের জন্য `skill list`, ধারণা সমাধানের জন্য `discover <query>`, ফোকাসড বিবরণের জন্য `get <entity> <id> [sections]`, ক্রস-এন্টিটি পিভটের জন্য `<entity> <helper> <id>`, জিন সেটের জন্য `enrich`, সমান্তরাল গেটের জন্য `batch`, এবং ক্রস-এন্টিটি ওরিয়েন্টেশনের জন্য `search all`। gettable এন্টিটিগুলোর মধ্যে রয়েছে gene, variant, article, author, trial, diagnostic, drug, disease, pathway, protein, adverse-event, pgx এবং cell-line, প্রতিটি নামযুক্ত আপস্ট্রিম প্রদানকারীদের সাথে ম্যাপ করা। শুধুমাত্র অনুসন্ধানযোগ্য এন্টিটি হলো gwas এবং phenotype। প্রতিটি `get` প্রগতিশীল প্রকাশের জন্য নির্বাচনযোগ্য বিভাগ সমর্থন করে; JSON মোডে প্রতিক্রিয়াগুলো ফলো-আপ এবং বিভাগ-স্তরের প্রোভেন্যান্সের জন্য `_meta.next_commands` এবং `_meta.section_sources` প্রকাশ করে। ইনস্টলেশন বিকল্পগুলোর মধ্যে রয়েছে একটি curl ইনস্টল স্ক্রিপ্ট, PyPI `uv tool install biomcp-cli` এর মাধ্যমে (README সতর্ক করে যে সম্পর্কহীন `biomcp` PyPI প্যাকেজ ব্যবহার করা উচিত নয়), Homebrew, একটি GHCR ডকার ইমেজ, একটি Claude Code প্লাগইন মার্কেটপ্লেস, একটি Codex MCP নিবন্ধন, এবং একটি Claude Desktop এক্সটেনশন। একটি দূরবর্তী HTTP সার্ভার মোড (`biomcp serve-http`) শেয়ার্ড ডিপ্লয়মেন্ট সমর্থন করে, সাথে `/health`, `/readyz` এবং `/`-এ প্রোব রুট। README নোট করে যে রেট লিমিটিং প্রক্রিয়া-স্থানীয় এবং অনেক সমান্তরাল কর্মীর জন্য একটি শেয়ার্ড HTTP এন্ডপয়েন্ট সুপারিশ করে, সাথে দূরবর্তী ডিপ্লয়মেন্টের জন্য একটি বিশ্বস্ত প্রমাণিত TLS প্রক্সি। বেশিরভাগ কমান্ড ক্রেডেনশিয়াল ছাড়াই কাজ করে; ঐচ্ছিক API কী (NCBI, Semantic Scholar, OpenFDA, NCI, OncoKB, AlphaGenome, DisGeNET) রেট লিমিট উন্নত করে বা ঐচ্ছিক এনরিচমেন্ট আনলক করে। প্রকল্পটি ঘোষণা করে যে এটি কোনো টেলিমেট্রি, অ্যানালিটিক্স বা দূরবর্তী লগ আপলোড যোগ করে না। BioMCP MIT-লাইসেন্সপ্রাপ্ত, ডেটাসেট ভেন্ডর করার পরিবর্তে অন-ডিমান্ড ক্যোয়ারী সম্পাদন করে, এবং README সতর্ক করে যে আপস্ট্রিম উৎসের শর্তাবলী পুনরুদ্ধার করা ফলাফলের পুনঃব্যবহার নিয়ন্ত্রণ করে, KEGG এবং COSMIC উল্লেখযোগ্য পুনঃব্যবহার সীমা হিসেবে চিহ্নিত।