عن المشروع

BioMCP هو ملف CLI تنفيذي واحد مبني حول قواعد أوامر واحدة تصل مباشرة إلى نحو 70 مصدراً طبياً حيوياً موثوقاً، بما في ذلك PubMed وClinVar وClinicalTrials.gov وOncoKB وReactome، مع مصادر إضافية تظهر داخل إجابات مصادر أخرى. تُعرض الأدوات نفسها كخادم Model Context Protocol (MCP)، بحيث يمكن لوكلاء الذكاء الاصطناعي مثل Claude Code وCodex وClaude Desktop استدعاؤها. الهدف المعلن هو تقليل متاهة البيانات الطبية الحيوية المعتادة: استعلام واحد يصل إلى مصادر تقع عادةً خلف واجهات برمجة تطبيقات ومعرّفات وعادات بحث مختلفة. يستخدم الباحثون والأطباء والوكلاء القواعد نفسها للبحث والتركيز والتنقل دون إعادة بناء سير عمل لكل مصدر. توصف النتائج بأنها مدمجة وموجهة نحو الأدلة، وتشمل بيانات عامة حية بالإضافة إلى تحليلات دراسات محلية. القدرات الرئيسية الموصوفة في README: - البحث في الأدبيات: `search article` يتوزع عبر PubTator3 وEurope PMC، ويزيل تكرار معرّفات PMID/PMCID/DOI، ويمكنه إضافة مسار Semantic Scholar عندما تدعمه المرشحات. - محاور متقاطعة بين الكيانات: الانتقال من جين أو متغير أو دواء أو مرض أو مسار أو بروتين أو مقال إلى العرض المدمج التالي بدلاً من إعادة بناء المرشحات يدوياً. - كتب اللعب: `biomcp skill list` يعرض أمثلة عملية جاهزة، تُفتح عبر `biomcp skill <slug>`. - تحليلات الدراسات المحلية: تغطي أوامر `study` سير عمل الاستعلام المحلي والمجموعة والبقاء والمقارنة والتزامن مع رسوم بيانية في الطرفية وSVG وPNG لمجموعات بيانات بنمط cBioPortal التي تم تنزيلها. - مساعدات تتبع الأوراق: `article citations` و`article references` و`article recommendations` و`article entities` توسّع ورقة بحثية معروفة واحدة إلى خريطة أدلة أوسع. - الإثراء والتجميع: `biomcp enrich` لإثراء مجموعات الجينات عبر g:Profiler، و`biomcp batch` لما يصل إلى 10 استدعاءات `get` مركزة في أمر واحد. تُنظَّم قواعد الأوامر على النحو التالي: `search <entity> [filters]` للاستكشاف، و`skill list` لكتالوج كتب اللعب، و`discover <query>` لحل المفاهيم، و`get <entity> <id> [sections]` للتفاصيل المركزة، و`<entity> <helper> <id>` للمحاور المتقاطعة بين الكيانات، و`enrich` لمجموعات الجينات، و`batch` للاستدعاءات المتوازية، و`search all` للتوجيه المتقاطع بين الكيانات مع البدء بالعدد. تشمل الكيانات القابلة للاستدعاء عبر `get`: gene وvariant وarticle وauthor وtrial وdiagnostic وdrug وdisease وpathway وprotein وadverse-event وpgx وcell-line، وكل منها مرتبط بمزودين upstream مسمّين. الكيانات المخصصة للبحث فقط هي gwas وphenotype. يدعم كل `get` أقساماً قابلة للاختيار للكشف التدريجي؛ وفي وضع JSON تعرض الاستجابات `_meta.next_commands` و`_meta.section_sources` للمتابعات ومصدر كل قسم. تشمل خيارات التثبيت سكربت تثبيت curl، وPyPI عبر `uv tool install biomcp-cli` (يحذر README من استخدام حزمة PyPI غير المرتبطة `biomcp`)، وHomebrew، وصورة GHCR Docker، وسوق إضافات Claude Code، وتسجيل Codex MCP، وإضافة Claude Desktop. يدعم وضع خادم HTTP عن بُعد (`biomcp serve-http`) عمليات النشر المشتركة، مع مسارات فحص عند `/health` و`/readyz` و`/`. يذكر README أن تحديد المعدل محلي للعملية ويوصي بنقطة نهاية HTTP مشتركة للعديد من العمال المتزامنين، بالإضافة إلى وكيل TLS موثوق ومصادق عليه لعمليات النشر عن بُعد. تعمل معظم الأوامر دون بيانات اعتماد؛ ومفاتيح API الاختيارية (NCBI وSemantic Scholar وOpenFDA وNCI وOncoKB وAlphaGenome وDisGeNET) تحسّن حدود المعدل أو تفتح إثراءات اختيارية. يذكر المشروع أنه لا يضيف أي قياس عن بُعد أو تحليلات أو رفع سجلات عن بُعد. BioMCP مرخّص بموجب MIT، وينفذ استعلامات عند الطلب بدلاً من تضمين مجموعات البيانات، ويحذر README من أن شروط المصادر الأصلية تحكم إعادة استخدام النتائج المسترجعة، مع الإشارة إلى KEGG وCOSMIC كقيود إعادة استخدام بارزة.