assaysentinel.jl

AssaySentinel.jl 是一个 Julia 包，面向从事测量质量而非患者诊断的科学家、检测方法开发者、临床实验室研究人员、生物统计学家和医生。它提出的问题是：测量过程是否发生了变化、何时变化、朝哪个方向变化、不确定性如何，以及该结论日后能否被重建。 范围与入口 - 漂移与变点：detect_drift、detect_changes，带有 :auto 模式，可报告为何选择某种方法。提到的检测器包括 CUSUM、PELT、贝叶斯乘积划分变点、Westgard 风格 QC、校准事件以及批号/仪器比较。 - QC：monitor、westgard_rules、@qcrule 宏，以及 Levey-Jennings 控制图数据。 - 校准：calibrate 和 compare_calibrations。 - 批次：detect_batch_effects 以及可选的 correct_batch_effects。 - 比较：compare_methods、compare_instruments、compare_lots、compare_sites。 - 参考限：reference_interval、assess_partitions、reference_curve。 - 多中心研究：hierarchical_sites、analyze(study, streams)、StudySentinel，带有共享标签（:global、:site_specific、:mixed、:stable）以及描述各中心统计一致性的 I-squared。 - 多分析物面板：AssayPanel 和 analyze(panel) 返回 PanelReport；单位不会跨分析物合并。 - 流式处理：Sentinel、update!、onalert。 - 模拟与评估：simulate_assay、evaluate_detector、showcase_dataset。 - 溯源与输出：explain、save、report。 用法 README 展示了一个简短工作流：加载包，调用 showcase_dataset()，对数据流运行 analyze，打印结果，调用 explain，并写出 HTML 报告。可以通过传入 Assay 定义以及 value、time、lot 和 instrument 的列映射来分析 Tables.jl 数据源。多中心历史数据使用 analyze(study, Dict(...))，并生成带有各中心图表的森林图。面板通过将数据流推入 AssayPanel 并对其进行分析来构建。 bin/assaysentinel 下提供了 CLI，包含 analyze、study、panel 和 version 子命令，以及 --json 输出选项。 可复现性与溯源 README 将每次 analyze 调用描述为可复现（rng 种子和输入指纹随结论一同保存）、感知不确定性（合并 SD、RMS(u)、加权均值、幅度标准误）、可绘图（控制图、重建时间线、批号/仪器条带、溯源），以及溯源完整（ingest、outliers、change-point、drift、reconstruct，每项都标记为 observed、statistical、algorithmic 或 annotation）。 列出的设计原则包括：测量是系统而非裸数字；优先选择可解释的统计量而非黑箱评分；检测与校正是分开的；离群值应被标注而非静默删除；缺失值和 NaN 绝不强制转换为零；不兼容单位在未明确转换前绝不比较；时间关联不等于因果关系；每个结论都应可复现。 安装与依赖 需要 Julia 1.10 或更新版本。在 General registry 注册完成之前，通过 Pkg.add(url=...) 安装。核心包被描述为仅依赖 stdlib，Makie、Unitful、Measurements、OnlineStats 和 Turing 作为可选扩展，分析、解释或报告时绝不强制要求。 安全边界与许可 README 声明该软件用于研究、分析质量评估、方法开发和科学决策支持，不是诊断医疗器械，不得独立确定患者诊断或治疗。严重程度标签和 Sentinel Score 描述的是分析过程，而非临床风险。 许可被描述为源码可用的专有许可，评估依据 LICENSE 进行，商业或生产使用需要商业许可或收购；相关文档包括 COMMERCIAL.md、ACQUISITION.md、LICENSE_TRANSITION_NOTICE.md 和 NOTICE。文档、统计方法、验证说明和变更日志均可从仓库链接获取。