assaysentinel.jl

AssaySentinel.jl é um pacote Julia destinado a cientistas, desenvolvedores de ensaios, investigadores de laboratórios clínicos, bioestatísticos e médicos que trabalham na qualidade da medição e não no diagnóstico de doentes. A sua questão declarada é se o processo de medição mudou, quando, em que direção, com que incerteza, e se essa conclusão pode ser reconstruída mais tarde. Âmbito e pontos de entrada - Deriva e pontos de mudança: detect_drift, detect_changes, com um modo :auto que indica por que foi selecionado um método. Os detetores mencionados incluem CUSUM, PELT, pontos de mudança bayesianos de partição de produto, QC estilo Westgard, eventos de calibração e comparações de lote/instrumento. - QC: monitor, westgard_rules, uma macro @qcrule e dados de gráficos de controlo Levey-Jennings. - Calibração: calibrate e compare_calibrations. - Lotes: detect_batch_effects e um correct_batch_effects opcional. - Comparações: compare_methods, compare_instruments, compare_lots, compare_sites. - Limites de referência: reference_interval, assess_partitions, reference_curve. - Estudos multi-site: hierarchical_sites, analyze(study, streams), StudySentinel, com rótulos de partilha (:global, :site_specific, :mixed, :stable) e I-quadrado a descrever a concordância estatística entre sites. - Painéis multi-analito: AssayPanel e analyze(panel) a devolver um PanelReport; as unidades não são agrupadas entre analitos. - Streaming: Sentinel, update!, onalert. - Simulação e avaliação: simulate_assay, evaluate_detector, showcase_dataset. - Proveniência e saída: explain, save, report. Utilização O README mostra um fluxo de trabalho curto: carregar o pacote, chamar showcase_dataset(), executar analyze no fluxo de dados, imprimir o resultado, chamar explain e escrever um relatório HTML. Uma fonte Tables.jl pode ser analisada passando uma definição Assay mais mapeamentos de colunas para valor, tempo, lote e instrumento. Os históricos multi-site usam analyze(study, Dict(...)) e produzem um gráfico de floresta com gráficos por site. Os painéis são construídos inserindo fluxos num AssayPanel e analisando-o. É fornecida uma CLI em bin/assaysentinel com os subcomandos analyze, study, panel e version, além de uma opção de saída --json. Reprodutibilidade e proveniência O README enquadra cada chamada analyze como reproduzível (a semente rng e a impressão digital da entrada acompanham a conclusão), consciente da incerteza (SD combinado, RMS(u), média ponderada, erro padrão da magnitude), plotada (gráfico de controlo, linha temporal de reconstrução, faixas de lote/instrumento, proveniência) e completa em proveniência (ingestão, outliers, ponto de mudança, deriva, reconstrução, cada um marcado como observado, estatístico, algorítmico ou anotação). Os princípios de design listados incluem: as medições são sistemas e não números isolados; preferir estatísticas explicáveis a pontuações de caixa negra; deteção e correção são separadas; os outliers são anotados em vez de eliminados silenciosamente; valores em falta e NaN nunca são convertidos em zero; unidades incompatíveis nunca são comparadas sem conversão explícita; associação temporal não é causalidade; e cada conclusão deve ser reproduzível. Instalação e dependências É necessário Julia 1.10 ou mais recente. Até a inscrição no registo General estar concluída, a instalação é feita via Pkg.add(url=...). O pacote principal é descrito como apenas stdlib, com Makie, Unitful, Measurements, OnlineStats e Turing como extensões opcionais que nunca são necessárias para analisar, explicar ou reportar. Limite de segurança e licenciamento O README afirma que o software se destina a investigação, avaliação da qualidade analítica, desenvolvimento de métodos e apoio à decisão científica, não é um dispositivo médico de diagnóstico e não deve determinar de forma independente o diagnóstico ou tratamento de doentes. Os rótulos de gravidade e o Sentinel Score descrevem o processo analítico, não o risco clínico. O licenciamento é descrito como proprietário de código disponível, com avaliação ao abrigo da LICENSE e uso comercial ou em produção a exigir uma licença comercial ou aquisição; os documentos relacionados incluem COMMERCIAL.md, ACQUISITION.md, LICENSE_TRANSITION_NOTICE.md e NOTICE. A documentação, os métodos estatísticos, as notas de validação e um changelog estão ligados a partir do repositório.