Об этом проекте

AssaySentinel.jl — это пакет Julia, предназначенный для учёных, разработчиков анализов, исследователей клинических лабораторий, биостатистиков и врачей, которые занимаются качеством измерений, а не диагностикой пациентов. Его заявленный вопрос — изменился ли процесс измерения, когда, в каком направлении, с какой неопределённостью и можно ли это заключение восстановить позже. Область применения и точки входа - Дрейф и точки изменения: detect_drift, detect_changes с режимом :auto, который сообщает, почему был выбран метод. Упоминаемые детекторы включают CUSUM, PELT, байесовские точки изменения с разбиением произведения, контроль качества в стиле Вестгарда, события калибровки и сравнения лотов/приборов. - Контроль качества: monitor, westgard_rules, макрос @qcrule и данные контрольных карт Леви-Дженнингса. - Калибровка: calibrate и compare_calibrations. - Партии: detect_batch_effects и опциональный correct_batch_effects. - Сравнения: compare_methods, compare_instruments, compare_lots, compare_sites. - Референсные пределы: reference_interval, assess_partitions, reference_curve. - Многосайтовые исследования: hierarchical_sites, analyze(study, streams), StudySentinel с метками совместного использования (:global, :site_specific, :mixed, :stable) и I-squared, описывающим статистическое согласие между сайтами. - Многоаналитные панели: AssayPanel и analyze(panel), возвращающий PanelReport; единицы не объединяются между анализами. - Потоковая обработка: Sentinel, update!, onalert. - Моделирование и оценка: simulate_assay, evaluate_detector, showcase_dataset. - Прослеживаемость и вывод: explain, save, report. Использование В README показан короткий рабочий процесс: загрузить пакет, вызвать showcase_dataset(), запустить analyze для потока данных, вывести результат, вызвать explain и записать HTML-отчёт. Источник Tables.jl можно проанализировать, передав определение Assay плюс сопоставления столбцов для значения, времени, лота и прибора. Многосайтовые истории используют analyze(study, Dict(...)) и создают форест-плот с графиками по каждому сайту. Панели строятся путём добавления потоков в AssayPanel и его анализа. CLI предоставляется в bin/assaysentinel с подкомандами analyze, study, panel и version, а также опцией вывода --json. Воспроизводимость и прослеживаемость README описывает каждый вызов analyze как воспроизводимый (зерно rng и отпечаток входных данных сопровождают заключение), учитывающий неопределённость (объединённое SD, RMS(u), взвешенное среднее, стандартная ошибка величины), визуализированный (контрольная карта, временная шкала реконструкции, полосы лотов/приборов, прослеживаемость) и полный по прослеживаемости (ingest, outliers, change-point, drift, reconstruct, каждый помечен как observed, statistical, algorithmic или annotation). Перечисленные принципы проектирования включают: измерения — это системы, а не просто числа; предпочитать объяснимую статистику чёрноящичным оценкам; обнаружение и коррекция разделены; выбросы аннотируются, а не молча удаляются; пропущенные значения и NaN никогда не приводятся к нулю; несовместимые единицы никогда не сравниваются без явного преобразования; временная связь не является причинностью; и каждое заключение должно быть воспроизводимым. Установка и зависимости Требуется Julia 1.10 или новее. До завершения регистрации в General registry установка выполняется через Pkg.add(url=...). Основной пакет описывается как использующий только stdlib, а Makie, Unitful, Measurements, OnlineStats и Turing являются необязательными расширениями, которые никогда не требуются для анализа, пояснения или отчёта. Границы безопасности и лицензирование README указывает, что программное обеспечение предназначено для исследований, оценки аналитического качества, разработки методов и поддержки научных решений, не является диагностическим медицинским устройством и не должно самостоятельно определять диагноз или лечение пациента. Метки серьёзности и Sentinel Score описывают аналитический процесс, а не клинический риск. Лицензирование описывается как source-available proprietary: оценка в соответствии с LICENSE, а коммерческое или производственное использование требует коммерческой лицензии или приобретения; связанные документы включают COMMERCIAL.md, ACQUISITION.md, LICENSE_TRANSITION_NOTICE.md и NOTICE. Документация, статистические методы, заметки о валидации и журнал изменений доступны по ссылкам из репозитория.