fastqrepair

nf-core/fastqrepair 是一个专门的生物信息学管道，用于处理和修复损坏或不合规的 FASTQ/FASTQ.gz 文件，这些文件常用于基因组测序数据分析。该管道解决了几个关键的数据质量问题：它从损坏的 gzip 文件中恢复读段，确保恢复的读段格式良好，重新配对无序的读段，并移除未配对的读段。 工作流程集成了几个成熟的工具：`gzrt` 用于从损坏的 gzip 文件中恢复数据，`wipertools`（来自 fastqwiper）用于使读段格式良好，`bbmap/repair.sh` 用于重新配对读段，`FastQC` 用于质量控制检查，以及 `MultiQC` 用于聚合和报告 QC 结果。这种组合允许用户将混乱的测序数据转换为干净、可分析的 FASTQ 文件，并附带全面的质量控制报告。 要使用该管道，用户需要准备一个样本表 CSV 文件，指定样本名称和对应的 FASTQ 文件路径（支持单端和双端数据）。该管道通过 Nextflow 执行，支持多种计算环境配置文件（本地、Docker、Singularity、Conda 等）。它产生干净的 FASTQ 文件，并提供详细的文本报告，记录所执行的清理操作。该项目是 nf-core 社区整理的管道框架的一部分，确保了标准化、可重复和文档完善的生物信息学工作流程。