fastqrepair

nf-core/fastqrepair は、破損または非準拠の FASTQ/FASTQ.gz ファイルを処理し、修復するために設計された専門的なバイオインフォマティクスパイプラインです。これらのファイルは、ゲノム配列データ分析で一般的に使用されます。パイプラインは、いくつかの重要なデータ品質の問題に対処します。破損した gzip ファイルからリードを回復し、回復したリードが適切に形成されていることを確認し、乱れたリードを再ペアリングし、不対リードを除去します。 ワークフローには、いくつかの確立されたツールが統合されています。`gzrt` は破損した gzip ファイルからデータを回復し、`wipertools`（fastqwiper から）はリードを適切に形成し、`bbmap/repair.sh` はリードを再ペアリングし、`FastQC` は品質管理チェックを行い、`MultiQC` は QC 結果を集約して報告します。この組み合わせにより、ユーザーは、雑然とした配列データを、包括的な品質管理レポートを伴う、クリーンで分析可能な FASTQ ファイルに変換することができます。 パイプラインを使用するには、ユーザーは、サンプル名と対応する FASTQ ファイルパスを指定したサンプルシート CSV ファイルを準備します（シングルエンドとペアエンドの両方のデータをサポート）。パイプラインは Nextflow を介して実行され、さまざまなコンピューティング環境（ローカル、Docker、Singularity、Conda など）に対応するプロファイルをサポートしています。クリーンな FASTQ ファイルと、実行されたクリーニングアクションの詳細なテキストレポートを生成します。このプロジェクトは、nf-core コミュニティキュレーションパイプラインフレームワークの一部であり、標準化された、再現可能な、よく文書化されたバイオインフォマティクスワークフローを保証します。