منصوبے کے بارے میں

nf-core/fastqrepair ایک خصوصی بائیو انفارمیٹکس پائپ لائن ہے جو خراب یا غیر معیاری FASTQ/FASTQ.gz فائلوں کو سنبھالنے اور ٹھیک کرنے کے لیے بنائی گئی ہے، جو کہ جینیاتی ترتیب کے ڈیٹا کے تجزیے میں عام طور پر استعمال ہوتی ہیں۔ پائپ لائن کئی اہم ڈیٹا کوالٹی مسائل کو حل کرتی ہے: یہ خراب گزیپڈ FASTQ فائلوں سے ریڈز کو بازیافت کرتی ہے، اس بات کو یقینی بناتی ہے کہ بازیافت شدہ ریڈز اچھی طرح سے تشکیل پائے ہوں، بے ترتیب ہو جانے والے ریڈز کو دوبارہ جوڑتی ہے، اور غیر جوڑے ہوئے ریڈز کو ہٹا دیتی ہے۔ ورک فلو میں کئی قائم شدہ ٹولز شامل ہیں: `gzrt` خراب gzip فائلوں سے ڈیٹا بازیافت کرنے کے لیے، `wipertools` (fastqwiper سے) ریڈز کو اچھی طرح سے تشکیل دینے کے لیے، `bbmap/repair.sh` ریڈز کو دوبارہ جوڑنے کے لیے، `FastQC` کوالٹی کنٹرول چیک کے لیے، اور `MultiQC` QC نتائج کو جمع کرنے اور رپورٹ کرنے کے لیے۔ یہ مجموعہ صارفین کو گندے ترتیب کے ڈیٹا کو صاف، تجزیہ کے لیے تیار FASTQ فائلوں میں تبدیل کرنے کی اجازت دیتا ہے، جن کے ساتھ جامع کوالٹی کنٹرول رپورٹس بھی شامل ہوتی ہیں۔ پائپ لائن کو استعمال کرنے کے لیے، صارفین ایک samplesheet CSV فائل تیار کرتے ہیں جس میں نمونے کے نام اور متعلقہ FASTQ فائل کے راستے (سنگل-اینڈ اور پیئرڈ-اینڈ ڈیٹا دونوں کی حمایت کرتے ہوئے) بتائے جاتے ہیں۔ پائپ لائن Nextflow کے ذریعے چلائی جاتی ہے، جو مختلف کمپیوٹنگ ماحول (لوکل، Docker، Singularity، Conda، وغیرہ) کے لیے مختلف پروفائلز کی حمایت کرتی ہے۔ یہ صاف FASTQ فائلیں اور صفائی کی کارروائیوں کی تفصیلی ٹیکسٹ رپورٹس تیار کرتی ہے۔ یہ پروجیکٹ nf-core کمیونٹی-کیورڈ پائپ لائن فریم ورک کا حصہ ہے، جو معیاری، قابل اعادہ، اور اچھی طرح سے دستاویزی بائیو انفارمیٹکس ورک فلو کو یقینی بناتا ہے۔