starbase

Starbase 是一个基于网络的应用程序和数据库，用于探索和分析星舰，这些是存在于真菌基因组中的大型 II 类 DNA 转座元素。这些元素可以构成基因组的很大一部分，并携带各种遗传货物，例如金属抗性和奶酪制造基因。该平台提供了浏览现有星舰序列、查看家族特征和下载数据的工具。用户可以执行 BLAST 和 HMMER 搜索，将新序列与数据库进行比较，并将其分类到现有家族或单倍型中。该应用程序还包括一个用于上传新序列进行整理的提交功能。Starbase 使用分离的架构构建，具有 Dash 前端和 FastAPI 后端，支持本地开发和通过 Docker 在 Kubernetes 上的生产部署。它具有强大的测试能力，包括单元测试和集成测试，并支持模拟生产环境的开发工作流程。该项目目前处于实验性生命周期阶段，欢迎为进一步开发和功能增强做出贡献。