Об этом проекте

Starbase — это веб-приложение и база данных, предназначенные для изучения и анализа транспозонов Starship, крупных ДНК-транспозонов класса II, встречающихся в геномах грибов. Эти элементы могут составлять значительную часть генома и нести различные генетические грузы, такие как гены устойчивости к металлам и гены, связанные с производством сыра. Платформа предоставляет инструменты для просмотра существующих последовательностей Starship, изучения характеристик семейств и загрузки данных. Пользователи могут выполнять поиск BLAST и HMMER для сравнения новых последовательностей с базой данных и классификации их в существующие семейства или гаплотипы. Приложение также включает функцию загрузки новых последовательностей для курирования. Starbase построен на разделенной архитектуре с фронтендом Dash и бэкендом FastAPI, поддерживая как локальную разработку, так и развертывание в продакшене на Kubernetes через Docker. Проект включает в себя надежные возможности тестирования с помощью модульных и интеграционных тестов, а также поддерживает рабочий процесс разработки, имитирующий производственные среды. В настоящее время проект находится на экспериментальной стадии жизненного цикла и приветствует вклад в дальнейшее развитие и улучшение функций.