starbase

Starbase는 곰팡이 게놈에서 발견되는 대형 class II DNA 전이인자인 Starship을 탐색하고 분석하기 위한 웹 기반 애플리케이션 및 데이터베이스입니다. 이러한 요소는 게놈의 상당 부분을 차지할 수 있으며, 금속 저항성 및 치즈 제조와 같은 다양한 유전적 화물을 운반합니다. 이 플랫폼은 기존 Starship 시퀀스를 브라우징하고, 가족 특성을 확인하며, 데이터를 다운로드하는 도구를 제공합니다. 사용자는 BLAST 및 HMMER 검색을 수행하여 새로운 시퀀스를 데이터베이스와 비교하고, 기존 가족이나 해플로타입으로 분류할 수 있습니다. 또한, 큐레이션을 위해 새로운 시퀀스를 업로드하는 제출 기능도 포함되어 있습니다. Starbase는 Dash 프론트엔드와 FastAPI 백엔드로 구성된 분할 아키텍처를 사용하여, 로컬 개발과 Docker를 통한 Kubernetes 프로덕션 배포를 모두 지원합니다. 단위 및 통합 테스트를 포함한 강력한 테스트 기능과 프로덕션 환경을 모방하는 개발 워크플로우를 지원합니다. 이 프로젝트는 현재 실험적 라이프사이클 단계에 있으며, 추가 개발 및 기능 향상을 위한 기여를 환영합니다.