Sobre o projeto

dsh-science-workbench é um plugin para o DeepSeek Harness que fornece um ambiente de workbench de ciência reproduzível. Ele combina células estilo Jupyter com execução orientada por agente e rastreamento de proveniência no estilo Nextflow, garantindo que cada figura e artefato seja rastreável e reproduzível. Principais recursos incluem: - Fluxo de trabalho código-para-figura com exibição inline e feedback estruturado para redesenho iterativo (v1 → v2 → v3). - Um manifest.json em texto simples como fonte única de verdade para células, artefatos, proveniência e feedback. - Reproducibilidade por construção: scripts autocontidos, subprocesso novo por célula, environment.lock, hashes SHA-256 e sementes fixas. - Versionamento automático via git para cada projeto (apenas commits locais). - Suporte multiplataforma: bash no macOS/Linux, PowerShell no Windows. São fornecidas nove ferramentas voltadas ao agente: bio_init_project, bio_run_cell, bio_rerun_cell, bio_add_feedback, bio_get_project, bio_list_projects, bio_set_projects_dir, bio_delete_cell e bio_mark_cell. A interface de workbench baseada em navegador oferece um layout de três painéis com pré-visualização inline de figuras, seletor de projetos pesquisável, busca de células e detalhes de proveniência. O plugin também inclui duas habilidades de figuras com qualidade de publicação (figure-style e figure-composer) adaptadas do Claude Science. A instalação é feita pelo comando padrão de plugin do dsh, e o plugin se registra automaticamente nos bundles de perfil. Após reiniciar o dsh web, as ferramentas bio_* e a aba workbench ficam disponíveis. Cada projeto segue uma estrutura organizada com manifest.json, environment.lock, index.md, code/, data/, figures/ e .git/. A arquitetura separa Host (execução e proveniência) do Client (interface de navegador), comunicando-se por rotas fetch de mesma origem. O desenvolvimento é direto com npm run lint para verificações de sintaxe e instalação local do plugin para testes.