À propos du projet

dsh-science-workbench est un plugin pour DeepSeek Harness qui fournit un environnement de workbench scientifique reproductible. Il combine des cellules de type Jupyter avec une exécution pilotée par agent et un suivi de provenance de style Nextflow, garantissant que chaque figure et artefact est traçable et rejouable. Les principales fonctionnalités incluent : - Un flux de travail code-vers-figure avec affichage en ligne et retour structuré pour un redessin itératif (v1 → v2 → v3). - Un manifest.json en texte brut comme source unique de vérité pour les cellules, artefacts, provenance et retours. - Reproductibilité par construction : scripts autonomes, sous-processus frais par cellule, environment.lock, hachages SHA-256 et graines fixes. - Versionnement git automatique pour chaque projet (commits locaux uniquement). - Prise en charge multiplateforme : bash sur macOS/Linux, PowerShell sur Windows. Neuf outils orientés agent sont fournis : bio_init_project, bio_run_cell, bio_rerun_cell, bio_add_feedback, bio_get_project, bio_list_projects, bio_set_projects_dir, bio_delete_cell et bio_mark_cell. Une interface utilisateur de workbench basée sur navigateur offre une disposition à trois panneaux avec aperçu de figure en ligne, sélecteur de projet recherchable, recherche de cellules et détails de provenance. Le plugin inclut également deux compétences de figures de qualité publication (figure-style et figure-composer) adaptées de Claude Science. L'installation se fait via la commande standard du plugin dsh, et le plugin s'enregistre automatiquement dans les bundles de profils. Après le redémarrage de dsh web, les outils bio_* et l'onglet workbench deviennent disponibles. Chaque projet suit une structure organisée avec manifest.json, environment.lock, index.md, code/, data/, figures/ et .git/. L'architecture sépare Host (exécution et provenance) de Client (interface navigateur), communiquant via des routes fetch de même origine. Le développement est simple avec npm run lint pour les vérifications de syntaxe et l'installation locale du plugin pour les tests.