umadock

UMADock은 RDKit으로 리간드 컨포메이션을 생성하고, PDB 구조와 리간드 잔기 이름을 기반으로 결합 부위를 준비하며, 컨포머를 도킹하고, 유망한 포즈를 최적화하며, 상호작용, 탈용매화, 변형 항을 결합하여 전자적 결합 에너지를 추정하는 워크플로를 제공합니다. 부위 준비는 PDBFixer, 리간드 주변 잔기 선택, ACE/NME 캡핑, AMBER ff14SB 양성자화 및 전하, 구조적 금속 이온 처리를 자동화합니다. 기본 스코어러는 Meta의 UMA 모델이며, MACE-OMOL-0과 AIMNet2도 지원됩니다. 프로젝트는 Modal 클라우드 GPU에서 실행되며, PDB, 준비된 부위, 모델 가중치에 대한 캐싱과 최적화된 포즈 및 결과 JSON 파일의 검색을 포함합니다. CLI 버전, 예제 노트북, 에이전트 구동 노트북도 제공됩니다. 검증된 예로는 SULT1A3의 파라세타몰과 살부타몰이 있으며, 명시적 용매 MD 및 MM-GBSA 결과와 비교됩니다.